Sultân dördüncü Muhammedin oğlu, birinci Mahmûd ile sultân üçüncü Osmânın babalarıdır. 1074 [m. 1664] de tevellüd, 1115 [m. 1703] de vefât etdi. 1106 [m. 1695] da halîfe oldu. Yeni Câmi’ yanında, Turhân sultân türbesindedir. Babası da bu türbededir. Mustafâ hânın silâhdârı olan Çorlulu Alî pâşa tarafından tersâne içinde iki katlı bir câmi’ yapılmışdır. Mihrâbı üstünde Kâ’be taşı yerleşdirilmişdir. İkinci Mustafâ hânın zevcesi Sâliha sultân, oğlu Birinci Mahmûd hân zemânında, Azabkapısı dâhilinde sebîl ve çeşme, hamâm, mekteb yapmış ve Arab câmi’ini tecdîd ve tevsî’ eylemişdir. Ta’mîr târîhinin 1147 [m. 1734] olduğu, şâdırvânı etrâfındaki beytlerde yazılıdır.
Osmanlı pâdişâhlarının yirmi ikincisi ve İslâm halîfelerinin seksen yedincisi. Sultan Dördüncü Mehmed’in Râbia Gülnûş Sultandan oğlu olup 5 Haziran 1664’te İstanbul’da doğdu. Devrin âlimlerinden iyi bir tahsil gördü. Devlet idâresi ve harp oyunlarını öğrendi. Mahâretli bir okçu ve silahşördü.
İkinci Ahmed Hanın 6 Şubat 1695’te vefâtıyla tahta çıktı. Pâdişâh olduğunda, Osmanlı Devleti on iki yıldan beri Avusturya, Lehistan, Rusya ve Venediklilerle harp ediyordu. Gayretli ve kahraman ruhlu bir hükümdar olan Sultan Mustafa Hân, tahta çıkışının üçüncü günü sadrâzama gönderdiği fermânda;
“Cenâb-ı Hak, bu âciz, bu günahkâr kuluna bir cihân pâdişâhlığı ihsân etti. Pâdişâhların hangisi zevk ve sefâya; kendi nefsinin râhatına düşmüş ise, eli altındaki memleketlerinin ve tebeasının huzûru ve râhatı kaçmıştır. Biz, bugünden zevki ve sefâyı kendimize haram kıldık. Düşmana karşı ceddim (Kânûnî) Sultan Süleymân gibi kendim sefere çıkmaya kat’î niyet ettim. Sizler ki vezîriâzamım, vüzerâ, ulemâ, vükelâ ve ocak ağalarısınız, cümleniz bir yere gelip, bu hatt-ı hümâyûnumu okuyup düşününüz, gazâya gitmem mi makbul, yoksa Edirne’de oturup, kalmamız mı münâsip? Din ve devlet ve halka hangisi faydalı, Allah için söyleşüp, doğruyu bana bildiriniz vesselâm...” buyurarak vazîfeye başladı. Bu Hatt-ı Hümâyûn devlet adamlarını, âlimleri, kumandanları, askerleri ve ahâliyi çok memnun edip coşturdu. Hocası Seyyid Feyzullah Efendiyi yanından ayırmayıp, sultanlığında da çok istifâde etti. Ordunun başında sefere karar verip, saltanatının ilk günlerinde sevindirici zaferler kazanıldı. 18 Şubat 1695’te Sakız Adasının Venedik İşgâlinden kurtarılmasını temin eden Koyun Adaları Zaferi kazanıldı.
Venediklilerin sekiz harp gemisi ve bir cephânesini zapt eden Koyun Adaları Zaferi kumandanlarından kalyonlar kaptanı Mezemorta Hüseyin Paşa, Kaptan-ı deryâlığa yükseltildi. Venediklilerin Sakız’a tekrar saldırmasıyla Mezemorta Hüseyin Paşa 15 Eylül 1695’te düşmanı çekilmeye mecbûr etti. Venedik, donanmasını tâkip edenHüseyin Paşa 18 Eylül 1695’te Midilli’nin Zeytinburnu açıklarındaki deniz muhârebesinde de parlak bir zafer kazanarak düşmanın on üç gemisini tahrip etti.
Sultan İkinci Mustafa Han, 30 Haziran 1695 târihinde Avusturyalıların işgâlindeki Macaristan’I kurtarmak için ilk Avusturya seferine çıktı. Belgrad’da 9 Ağustos’ta topladığı Harp Divanında Janova-Lippa, Lugos ve havâlisinin işgalden kurtarılmasına karar verildi. 9 Eylül’de Lippa Kalesi feth edildi. 22 Eylül 1695’te Kırım Hanı Selim Giray’ın da iştirâk ettiği Lugos Muhârebesinde Osmanlı ordusu gâlip geldi. Lugos Zaferinden sonra Sultan Mustafa Han, sefer mevsimi geçtiğinden, 18 Kasım 1695’te İstanbul’a döndü.
Rus Çarı Deli Petro, Karadeniz’e inmek için Azak Kalesini üç aydan fazla kuşatmışsa da, muvaffak olamamıştı. 13 Ekim 1695’te elli bin ölü vererek Azak’tan çekilen Deli Petro, Kefe Beylerbeyi Mustafa Paşa ve Kırım Kalgayı Kaplan Giray’ın tâkibi sonucu daha da kayıp verdirilerek ateşli silahları zapt edildi. Azak yenilgisinin öcünü almak isteyen Deli Petro, Venedik, Avusturya, Hollanda ve Prusya’dan teknik eleman ve yardım olarak 1696’da kaleyi tekrar kuşattı. Azak Kalesini müdâfaa için bırakılan beş yüz kadar asker, Deli Petro’nun yüz binlik ordusuna karşı altmış dört gün dayanabildi. Yardıma gönderilen kuvetlerin zamânında yetişememesi üzerine Azak Kalesi 6 Ağustos 1696’da vire ile teslime mecbur oldu. Bu hal Sultan Mustafa Hanın ve bütün ülkenin büyük üzüntüsüne sebep oldu. Azak Kalesinin ikmâlini ihmâl eden ve yardıma memur edilip, zamânında yetişmeyen kumandanlar cezâlandırıldı. Kuban Nehri ağzına Açu’ya kale yaptırılarak, Moskof yayılmasını durdurma çâresi düşünüldü.
İkinci Avusturya Seferine 1696 baharında çıkan Sultan Mustafa Hân kumandasındaki Osmanlı ordusu, Saksonya Kralı Nalkıran Friedric ile General Heisler kumandasındaki düşman kuvvetleriyle 1696 yazında karşılaştı. 27 Ağustos 1696’da Olasch yakınlarında meydana gelen muhârebede şiddetli taarruzlar oldu. Düşman ordusu fazla dayanamayarak, yenildi. Tameşvar tekrar zaptolundu.
Muzaffer pâdişâh Avusturya’ya son ve kesin bir darbenin vurulması için yeni bir seferin lüzumuna inanıyordu. Ancak 17 Haziran 1697’de bu maksatla çıkılan sefer, sadrâzam Elmas Mehmed Paşa ile Tameşvar Muhâfızı Koca Câfer Paşanın Pâdişâh’ı yanlış yola sevketmeleri sonucu Zenta bozgununa sebep oldu. Savaşta Sadrâzam Elmas Mehmed Paşa ile on üç beylerbeyi ve binlerce asker şehit oldu. Sultan Mustafa Han süvâri kuvvetleriyle Tameşvar’a çekildi. Sadrazamlığa Amcazâde Hüseyin Paşayı getirdi.
Zenta bozgununun tesiriyle Osmanlı ordusunda disiplin kalmamıştı. Bundan faydalanan Avusturya kuvvetleri Sava Nehrini geçerek Bosna eyâletine kadar girdiler. Saray Bosna şehrine kadar olan sahalar tahrip edildi. Ancak Bosna beylerbeyliğine getirilen Daltaban Mustafa Paşa Bosna’da bulunan Avusturyalılara taarruz ederek onları memleketlerine kadar sürmeye muvaffak oldu.
Zenta Vak’ası Osmanlı devlet adamlarını sulha taraftar hâle getirdi. Avusturya da harbe taraftar olmadığı için İngiliz ve Flemenk (Hollanda) elçilerinin tavassut teklifi her iki devletçe de kabul edildi. Karlofça’da antlaşma görüşmeleri devâm ederken, Sultan Mustafa Han, hudut tecâvüzlerine karşı serdar tâyin edilen Sadrâzam Amcazâde Hüseyin Paşa kumandasındaki yüz bin Osmanlı ve otuz bin Kırım askerini Belgrad’a gönderdi. Akdeniz, Karadeniz ve Tuna donanmaları yeni gemilerle takviye edilerek, harekete hazır hâle getirildi. Semendre ve Belgrad önlerinde bekleyen Osmanlı ordusu, uzun süren görüşmeler üzerine Kasım 1698’de geri döndü. Uzun görüşmelerden sona Avusturya, Venedik ve Lehistan, 26 Aralık 1699’da Karlofça Antlaşmasını imzâladı.
Buna göre; Macaristan’la Erdel Avusturya’ya terk edilerek, Sava ve Unna nehirleri hudut kesildi. Mora, Dalmaçya ve Aya Mavri Adası Venediklilere Ukrayna ve Podolya Lehistan’a verildi. Rusya ile antlaşma 14 Temmuz 1700’de yapıldı. Azak Kalesi Ruslara bırakıldı.
Sultan Mustafa Han, Karlofça Antlaşmasından sonra askerî ve mâlî teşkilâtlarda ıslâhat hareketlerine girişti. Donanmada çektiri usûlünün kullanılması terk edilerek kalyon sistemine geçildi. Bahriyenin ıslahı ve ihtiyaçlarının giderilmesi için bir kânunnâme îlân edildi. Ancak bilhassa kapıkulu ocakları arasında yapılan ıslâhâtlar yeniçeri ve sipâhilerin hoşuna gitmedi. Bâzı devlet adamlarının tahrikiyle başlayan ayaklanma sonunda Sultan Mustafa Han 22 Ağustos 1703’te tahttan indirildi. Saraya geldiğinde kapıda kendisini feryâd ederek karşılayan Vâlide Sultanın elini öptükten sonra; “Kul beni tahttan indirmişler, yerime karındaşım Sultan Ahmed’i pâdişâh eylemişler. Allah mübârek eyleye, evlâtlarım kendisine Allah emâneti olsun.” sözleriyle kendisine ayrılan özel dâireye çekildi. Mustafa Han, hizmetleri ortadayken karşılaştığı bu durumdan dolayı çok müteessir oldu. İstiskâ hastalığından da muzdarip bulunan Sultan, nihâyet 20 Aralık 1703’te vefât etti. YeniCâmi yanında Vâlide Sultan Türbesine defnedildi. Babası Dördüncü Mehmed Han da bu türbededir.
Dokuz yıla yakın Osmanlı sultanlığı yapan İkinci Mustafa Han muktedir ve değerli bir pâdişâhtı. Orduların başında sefere giden son Osmanlı sultanıdır. Âlimlere ve hocasına karşı hürmeti çok fazlaydı. Edebiyâta meraklı olup Meftûnî veİkbâli mahlasıyla şiirler yazardı.
İkinci Mustafa Hanın devrinde devlet adamları ve âlimler kıymetli ilmî ve sosyal müesseseler yaptırmışlardır. Hocası Seyyid Feyzullah Efendi, Fâtih’te yaptırdığı medrese ile değerli ve nâdide kitapların toplandığı bir kütüphâne, Sadrâzam Amcazâde Hüseyin Paşa Saraçhâne’de bir medrese, kütüphâne ve çeşme, Sadrâzam Rami Mehmed Paşa Eyüp’te bir mektep ile çeşme, Dâmâd Ali Paşa bir kütüphâne yaptırmışlardır. Sultan Mustafa Hânın silâhtârı olan Çorlulu Ali Paşa tarafından tersâne içinde iki katlı câmi yapılmıştır. Mihrabı üstüne Kâbe taşı yerleştirilmiştir. İkinci Mustafa Hanın hanımı Sâliha Sultan, oğlu birinci Mahmûd Han zamânında Azapkapısı’nda sebil, çeşme, hamam ve mektep yaptırıp Arap Câmiini tâmir ettirerek genişletti. Câmide mevlid ve Kur’ân-ı kerîm okunmasını vakfiyesinde belirtmiştir.